Orgánmi Úradu sú:
a) Rada
b) Generálny riaditeľ
c) Dozorný výbor
d) Výbor pre zabezpečenie kvality štatutárneho auditu ("VZKA")
e) Výbor pre prešetrovanie a sankcie ("VPS")
Úrad v súlade s § 55 ods. 7 zákona č. 423/2015 Z. z. zriadil na plnenie svojich úloh komisiu, ktorá nemá rozhodovacie právomoci:
Osobitné postavenie vo vnútornej organizácii Úradu má Skúšobná komisia.